La guerra civil en Al Andalus duró más de año y medio, desde la revuelta inicial de febrero de 1009 contra el desastroso gobierno del hijo de almanzor, que puso fin a la autoridad real de este último, y al reinado, para entonces solo nominal, de Hisham II. Entre 1009 y 1010 le siguieron los gobernantes, apoyados unos por los andaluces y otros por los bereberes, mercenarios norteafricanos traídos por Almanzor para su ejército. Todo con la intervención, por primera vez en siglos, de los reinos cristianos del norte, que se frotaron las manos al ver cómo se consumía el otrora todopoderoso imperio cordobés.
Los bereberes habían sido expulsados en mayo de 1010 por las tropas de al-Mahdi, un ejército combinado de eslavos, andaluces y catalanes reunidos en Toledo, que derrotaron a los norteafricanos en Córdoba y los persiguieron hasta Cádiz. Allí se voltearon las tornas, los catalanes fueron derrotados y volvieron a Córdoba desordenados, saqueando la ciudad y haciendo entender a los habitantes que los bereberes regresarían, más temprano que tarde, en busca de venganza. La maltrecha capital se preparó de nuevo para la guerra.
En el verano, al-Mahdi fue asesinado y se restauró Hisham II, el último califa estable que Al Andalus había tenido. Los eslavos lideraron la defensa, cavaron un enorme foso alrededor de la ciudad y erigieron nuevos muros entre los que quizás se encontraban lo que hoy conocemos como muros de la Axerquía (especialmente su parte sur). Los defensores se atrincheraron en las ciudades de Córdoba y Medina Azahara, dejando a su suerte o arrasando preventivamente otros lugares como el palacio de la Arruzafa.
Cuando llegó el enemigo, puso sitio a la capital. Era casi imposible tomar Córdoba por asalto, pero Medina Azahara, el sueño de Abderramán III hecho realidad en 936, estaba aislado y casi indefenso. Se dice que fue el 4 de noviembre que comenzó el ataque. Y después de tanto tiempo usando su libro como fuente, lo mejor es copiar la historia que Antonio Muñoz Molina hace de esos momentos:
«A principios de noviembre sitiaron Madinat al-Zahra, la asaltaron después de tres días y masacraron primero a los soldados de la guarnición y luego a todos los hombres, mujeres y niños que vivían en la ciudad palacio de Abderraman al-Nasir, sin siquiera respetar los que se habían refugiado en la mezquita. Cazaron los animales exóticos que poblaban los jardines, destrozaron la gran copa de mármol sobre la que alguna vez se derramó el mercurio, arrancaron las perlas y piedras preciosas incrustadas en los capiteles, que utilizaban como establo para sus caballos los salones donde los embajadores de los reinos del mundo se habían humillado ante el califa de al-Andalus. Durante todo ese invierno rabiaron implacablemente la destrucción y luego la consumaron con fuego «.
El asedio de Córdoba aún tenía que durar tres años más. Las huertas, almunias y palacios de la ciudad desaparecieron. El resto de los arrabales fueron saqueados e incendiados, y solo el pequeño núcleo que hoy constituye el centro histórico resistió tras las murallas hasta el momento en que no quedó más remedio que rendirse. Aunque hubo un antes y un después de la guerra, este fue el episodio que desangró y derrumbó la antigua capital califal de medio millón de habitantes y siete kilómetros de longitud, desde Medina Azahara hasta los meandros del Guadalquivir cerca de las Quemadas.